Keluarga Prado dan The Skinner menjadi pusat perhatian untuk musim Dexter 3. Plus, Dexter menjadi pria keluarga.

Kehidupan Pribadi Dexter

Rita menemukan bahwa dia hamil dan mereka memutuskan untuk menikah. Saat Rita berkembang dengan rencana pernikahan, Dexter banyak bepergian dengan teman barunya, Manuel Prado. Manuel melihat Dexter untuk siapa dia sebenarnya dan dia tidak jijik. Dexter mulai menurunkan penjagaannya dengan Manuel dan mereka menjadi teman sejati.

Pada saat dia hampir mati oleh tangan George King, Dexter menyadari bahwa dia benar-benar ingin melihat putranya datang ke dunia dan dia ingin melihatnya tumbuh dewasa.

Dexter meminta Debra menjadi pendampingnya dan dia dan Rita menikah.

Kode Harry

Dexter menemukan bahwa pemangsa seksual sedang menonton Astor. Menurut kode Harry, Dexter tidak dapat membunuh predator karena dia bukan pembunuh. Dexter menyimpulkan bahwa kode perlu berevolusi dan menjadi miliknya. Dia membunuh predator.

Keluarga Prado

Dexter menemukan pembunuhan berikutnya, seorang pengedar narkoba pembunuh yang menggunakan nama Freebo. Dexter secara tidak sengaja tersandung dalam perkelahian antara Freebo dan seorang pria yang kemudian dia ketahui adalah Oscar Prado. Freebo melarikan diri dan Dexter membunuh Oscar untuk membela diri. Saudara laki-laki Oscar, Asisten Jaksa Wilayah Miguel Prado, menangani kasus ini. Miguel memiliki sejarah dengan LaGuerta dan mereka masih dekat.

Dexter menemukan Freebo dan membunuhnya, tetapi Miguel hampir menangkapnya. Di luar, Dexter memberi tahu Miguel bahwa dia harus membunuh Freebo untuk membela diri. Miguel membantunya menutupi kejahatan dan keduanya mulai bergaul bersama. Rita menikmati menghabiskan waktu bersama istri Miguel, Syl.

Miguel menempatkan dua dan dua ketika penjahat yang dia keluhkan ternyata mati. Dia ingin bekerja dengan Dexter untuk menjadikan kota ini tempat yang lebih aman. Dexter ingin mematahkan semangatnya dan muncullah rencana untuk membiarkan Miguel membiarkan penjahat pergi sehingga Dexter dapat membunuhnya. Dia kaget ketika Miguel melanjutkan rencananya.

Miguel ingin mereka membunuh seorang pengacara yang tangguh, Ellen Wolf, yang menghalangi profesional Miguel. Dexter mengatakan dia tidak cocok dengan kode itu, dan ketika dia ternyata hilang, Dexter mencurigai Miguel dan mengkonfirmasi kecurigaannya dengan mengikuti petunjuk yang ditinggalkan oleh Miguel.

Dexter berusaha memanfaatkan Miguel, tetapi akhirnya sampai pada kesimpulan bahwa ia harus membunuhnya. Miguel mempekerjakan saudara lelakinya yang marah, Ramon, sebagai penjaga tubuh. Rencana Dexter adalah melakukannya pada malam pernikahan karena Miguel seharusnya menjadi pendamping pria itu. Dexter pemberitahuan bahwa LaGuerta ada di Miguel dan bahwa dia dalam bahaya, jadi Dexter membunuhnya lebih cepat.

Yuki Amado

Yuki, seorang agen Urusan Internal, menghubungi Debra karena dia ingin informasi tentang mitra baru Debra, Joey Quinn. Debra menolak banyak, banyak permintaan dari Yuki dan akhirnya memberitahu Quinn bahwa dia sedang diselidiki. Quinn mengatakan bahwa itu masalah pribadi, tetapi kemudian memberi tahu Debra bahwa Yuki adalah pasangannya dan dia tidak pernah memaafkannya karena mengetahui tentang kecanduan narkoba seorang kolega dan mencoba untuk membantunya secara pribadi daripada pergi ke atasan mereka. Pria itu meninggal karena overdosis obat.

Skinner

Ketika Dexter pertama kali mengakui korban sebagai Teegan, pacar Freebo, ia mengasumsikan bahwa Freebo membunuhnya. Tapi, ketika pembunuhan berlanjut setelah Dexter membunuh Freebo, dia tahu itu orang lain, meskipun kepolisian mencari Freebo. Pembunuhnya disebut The Skinner karena dia menghilangkan kulit korbannya sebelum dia membunuh mereka. Departemen akhirnya menghubungkan George King dengan pembunuhan dan Dexter mengetahui bahwa dia menguliti orang sebagai penyiksaan karena dia ingin mereka memberitahunya bagaimana menemukan Freebo, yang berutang kepadanya.

Skinner menculik Dexter dan mengikatnya ke sebuah meja. Dexter mendapat gratis dan membunuh The Skinner tepat ketika polisi tiba. Dexter melemparkannya ke mobil polisi agar terlihat seperti bunuh diri dan kemudian menyelinap keluar jendela.

Guy Debra

Saat mencari The Skinner, Quinn memberitahu Debra untuk berbicara dengan informan rahasianya, Anton Briggs. Debra berbicara dengannya beberapa kali dan mereka membentuk hubungan romantis. Debra merasa bersalah memiliki hubungan dengan CI dan memberi tahu Dexter bahwa ayah mereka tidak akan menyetujuinya. Dexter memberi tahu Debra bahwa ayah mereka berselingkuh dengan CI.

Sersan Batista merekomendasikan Debra untuk perisai detektif dan LaGuerta bertanya padanya apakah dia lebih suka memiliki perisai atau Anton, dan dia memilih Anton. LaGuerta mengatakan kehidupan pribadinya harus selalu diutamakan, dan memberinya perisai.

Anton diambil oleh The Skinner dan Debra bekerja lembur sampai dia menemukan Anton.

Koneksi Dexter

Dexter, yang mengaku tidak punya perasaan, selalu mencari koneksi. Dia pikir dia telah menemukan hubungan itu dalam Miguel Prado dan mulai berbagi rahasia terdalamnya, hanya untuk mengetahui bahwa Miguel memanipulasi dirinya. Pencarian Dexter untuk koneksi berlanjut.